Враховуючи, що мікробіологічні процеси впливають на вихід і якість готової продукції, особлива увага повинна приділятися мікробіологічному контролю на виробництві харчової продукції. В задачі мікробіологічного контролю входить виявлення шляхів проникнення мікроорганізмів на виробництво; місця скупчення і ступінь розмноження їх на окремих ділянках виробництва; розробка міроприємств по запобіганню розвитку мікрофлори; доведення до мінімуму втрат продукції, які викликаються діяльністю мікроорганізмів, а також створення умов для виготовлення продукції високої якості, які задовольняють потребам міжнародних бактеріологічних стандартів.